По патриаршим книгам с 1625 года известна церковь «Кира и Иоанна под Симоновым в Кожевниках».

В 1657 году в архивных материалах значится церковь «деревянная Живоначальной Троицы, что в Кожевниках».

Каменный храм начал строиться в 1686 году по указу Великих Государей Царей Ивана Алексеевича и Петра Алексеевича и Царевны Софьи Алексеевны на вновь отведенной из дворцового кожевнического укосного луга земле и был завершен в 1689 году с трапезной и приделами. В 1772 году сооружена колокольня и в ней устроен придел Михаила Архангела, окруженный папертью. К этому же времени относится и сооружение ограды.

В середине 19 века храм представлял собой ансамбль, окруженный оградой с воротами, с основным объемом, завершенным пятиглавием в стиле московского барокко, с четырьмя престолами: во имя Святой Живоначальной Троицы, святых чудотворцев Кира и Иоанна, святой великомученицы Параскевы и святого Михаила Архангела в трёхъярусной колокольне с 9 колоколами.

История храма тесно связана с Бахрушиными, которые были не только прихожанами, но и благодетелями храма. Петр и Александр Бахрушины в течение многих лет являлись старостами церкви, постоянно заботились о ее украшении и благоустроении. Храму принадлежала земля площадью 3484 кв. сажен (около 16 тыс. кв. метров). Другое недвижимое имущество храма состояло из одного каменного дома и пяти деревянных флигелей.

Многие из утраченных ныне икон были украшены жемчугом, имели красивые серебряные и вызолоченные ризы. Например, храмовая икона Пресвятой Троицы, иконы Богоматери Смоленская, Благовещения Пресвятой Богородицы, святителя Николая, мученицы Параскевы и другие. Пятиярусный иконостас главного придела с резными колоннами считался одним из лучших произведений резного искусства 17 века.

На колокольне было 9 колоколов. Главный колокол весил 300 пудов (4800 кг). Из надписи на колоколе следует, что отлит он 20. 09. 1749. «Лил сей колокол мастер, московский купец первой гильдии Константин Михайлов сын Слизов», один из лучших мастеров того времени.

В 1935 году храм был закрыт и разграблен. Как он тогда выглядел, видно на старых фотографиях.

Настоятель храма протоирей Николай Кобранов был несколько раз арестован, в 1935 году выслан в лагеря. 31 декабря 1937 года расстрелян.

В 2004 году причислен к лику новомучеников Российских. По воспоминаниям прихожан, отец Николай пользовался большой любовью, поддерживал людей пастырским словом, как мог, помогал им. О судьбе его семьи – матушки Людмилы, дочери Надежды 8 лет и сыне Евгении 5 лет – ничего не известно.

После закрытия в храме размещались складские помещения, мастерские, электромеханический цех, организации «Мослифта».

Вследствие этого, храм пришел в совершенное запустение и был серьезно разрушен.

В 1982 году началась его реставрация Министерством культуры под камерный зал.

В 1992 году храм был возвращен Русской Православной Церкви.

В настоящее время в нем совершаются богослужения, продолжаются работы по реставрации и благоукрашению храма.